农村合作医疗办理的程序如下：
(1)各社区以户为单位进行审核、登记，并进行微机录入，打印出参保人员名单，并收缴费用；
(2)街道劳动保障综合服务中心对全处参保情况进行汇总，核实计算出总参保费用即个人、社区、街道应缴纳费用，并收缴个人和社区负担费用。
(3)事处上报区新型农村合作医疗办公室参保情况，并将个人、社区、街道三方缴纳的参保费用上缴到区财政局；
(4)组织各社区携带打印出的参保人员名单及其电子版到开发区人寿保险公司办理《新型农村合作医疗卡》，然后发放到参保人员手中；
(5)参保人员患病后持合作医疗卡到定点医院就医；
(6)参保人员患病在区内住院时，出院后凭医院门诊病历、出院小结、身份证和新型农村合作医疗证在就诊医院实行现场审核、报销；在区外住院应在出院后5日内凭医院门诊病历、住院费用清单、转诊证明、用药处方、原始医疗费收据、身份证和新型农村合作医疗卡到开发区人寿保险公司办理报销手续。大病门诊医疗费用、符合晚婚晚育年龄的孕妇保健费用、农村合法生育家庭生育费用报销同区内住院病人，携带相关材料在就诊医院实行现场审核、报销。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
《中华人民共和国社会保险法》第二十五条
国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。
